晶圆表面形貌的变化（例如深腔和沟槽）在 MEMS 器件中很常见，并对光刻胶旋转和成像都提出了挑战。对于深度超过 10 µm 的空腔，凸角处的光刻胶变薄以及空腔内的堆积会产生曝光问题以及蚀刻期间留下的光刻胶厚度不足的问题。针对恶劣地形的光刻胶涂层的最新发展有两种：喷涂光刻胶和电镀光刻胶。
由于焦深有限，在高度变化超过 10 µm 的表面上曝光图案也是一项艰巨的任务。接触式和接近式光刻系统不适合此任务，除非分辨率的显著降低是可以接受的。在高度级别变化的数量有限(例如，小于3个)的某些情况下，可以使用投影式光刻系统来在这些高度中的每一个级别进行具有相应的焦点调整的曝光。当然，这是昂贵的，因为掩模和曝光的数量随着高度级别的数量线性增加。